1，在是否赞成邓小平退休的问题上，胡赞成而赵反对。这种分歧，既源于胡的耿直和赵的韬晦的不同人格，也源于二人对政治时机的不同判断，即邓是真心想退还是假意作秀？对邓的承诺，胡相信而赵不信。
2，在经济改革问题上的分歧：胡主张在坚持计划和公有制的前提下进行改革，其改革的主要目标是在不触动旧经济体制的前提下，以全民动员式的传统手段来大幅度提高经济效率和老百姓的生活水平；而赵主张必须变计划为市场、变公有为私有，也就是只有在改革旧体制的前提下，富民强国的经济改革的目标才能实现。
3，政治改革上的分歧：尽管，胡与赵在推进政治改革和抵制文革式整人（如“清污”和“反自由化”）上是基本一致的，然而，在进行怎样的政治改革上，二人偏好的目标和手段皆有极大的差异。胡主张的政治改革是想建立一种开明的仁政，通过发扬和继承党内原有的优良传统来改造党的作风，通过明君和清官主导的改革来造福于民；而赵主张的政治改革则是意欲建立现代政治文明，即西式的宪政民主、三权分立，通过建立符合现代政治文明的制度来造福于民。
所以，六四后，官方还允许对胡耀邦的公开怀念，但赵紫阳则成为被封闭在黑箱中的名字。
如果说，胡耀邦是中国传统中的好人政治家，那么，赵紫阳就是开始超越中国传统的现代型政治家。即便假定赵的人格不如胡那样善良耿直，但是二人如果继续执政，赵为改革所确立的目标肯定要比胡的目标更接近世界现代文明的主流。尽管胡的个人风格在中共高官中很受赞誉，甚至连踏着胡的尸骨坐上最高权力交椅的江泽民，为了玩弄政治平衡术都要对胡表示一定的尊重。但是，长时间的一党独裁体制的惰性，仍然在他身上留下了不可避免的权力狂妄的政治遗传。他在经济上的计划思想、在新闻上的喉舌思想、在港台回归上的僵硬态度、在权力分配上的一元化思想，是导致胡、赵二人分歧的主要原因。胡耀邦的计划经济思想、对赶超策略的热衷以及对经济的外行，必然造成他与当时主管经济的赵紫阳之间的分歧。
换言之，在政治权力得不到有效制约的党权至上的体制下，党魁的一时心血来潮就可能变成危及整个社会的政治决策。比如，胡在经济改革上如同胡闹儿戏的发言，在八十年代中期就掀起了全民追逐高消费的时尚；至今，人们仍然以轻蔑的口吻谈起，胡当年搞的几千名中日青少年的交流计划──尽管胡本人谈起此事来仍然一肚子委屈。
胡、赵分歧的悲剧性在于：当党的总书记的话在政府总理的行政权力范围内未必就能变成经济改革的决策时，政见上或政策上的分歧就会演变成权力上的争斗。按照权力分工来说，总书记管党务和政治，总理管行政和经济，本可以井水不犯河水。但在一党独裁的体制下，总书记的权力最大，行政首脑及其权力还没有独立性，而是必须听命于党魁的吆喝。所以，党魁与总理的分歧就必然要演化为权力之争,作为党魁的总书记与作为行政首脑的总理之间的任何分歧，都必然涉及到党权与行政权谁为老大的问题。
无论是政改还是经改，胡都强调要坚持党的一元化领导，党魁权力必然对总理行政权的进行干预，并对总理不听党魁的吆喝产生不满；而赵紫阳所要的改革的第一步就是放权让利，进而要解决党政不分、政企不分的权力过于集中的问题，必然对党权的过多干预极为反感。所以，胡、赵的分歧最后就要扯到是否要进行党政分离的体制改革的冲突上。赵作为既主持经济工作又坚持党政分离的改革的行政首脑，必然对坚持在党的一元化领导下进行改革的党魁胡耀邦有所抵触，特别是体制给予胡以凌驾于赵之上的一把手权力，经常利用党权越界干预行政权力，肯定招致赵的内心不满乃至行动上的抵制。而在坚持党对一切的绝对领导权的体制下，身为党魁的胡自然认为他有权干预一切，所有重大决策的最后决定权应该在党魁手中，而不是在行政首脑手中。
所以，赵在邓小平决定罢免胡的会议上所采取的立场，除了所有从政者都有的个人政治野心之外，应该也有赵想藉以摆脱党权干预行政权的原因。
作为中共历史上难得的两位开明党魁，胡、赵皆成为强人政治的牺牲品：一位含冤而死十五年了，一位软禁至今十五年了。现在，回头看胡、赵二人的当年分歧，胡应负的责任是党权对行政权的过份干预，赵应负的责任是在胡遭到不公正的政治迫害时，没有象习仲勋那样挺身而出主持公道，而是采取了韬晦之策。
这，既是他们个人的悲剧，也是中国制度的悲剧，造成这一悲剧的最终根源，无疑是一党独裁的政治体制。
2004年10月25日于北京家中
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