清華大學
工學第一名、管理學第三名
北京大學
理學第一名、哲學第一名、文學第一名、法學第一名、醫學第二名
中國協和醫科大學
醫學第一名
中國農業大學
農學第一名
南京大學
歷史學第一名、理學第二名、文學第三名
西安交通大學
管理學第一名
北京師範大學
教育學第一名
中國人民大學
經濟學第一名、法學第二名
浙江大學
工學第二名、管理學第二名
復旦大學
經濟學第二名、文學第二名、醫學第三名
上海交通大學
工學第三名
中國科學技術大學
理學第三名
華中科技大學
工學第四名
哈爾濱工業大學
工學第五名
天津大學
工學第六名
2004中國一流大學的數量與上一年度持平，均為15所，其中天津大學以工學第六名首次進入《中國大學評價》的中國一流大學。
天津大學的工學在2003年列中國大學第7名。本年度天津大學的工學超過西安交通大學而列第6名，進入中國一流大學行列。西安交通大學以管理學第1名仍列中國一流大學。
2003年，武漢大學的哲學以微弱的優勢獲得中國大學第1名，進入中國一流大學。本年度，武漢大學的哲學未能繼續保持第1名。
南京農業大學的農學是本年度中國大學的第2名，只是因為全校的科研成果總量沒有達到研究型大學的標準而未進入中國一流大學。
需要說明，在本科專業分類中，心理學屬於理學門，而在研究生專業分類中，心理學屬於教育學門。為了避免出現兩個教育學第一名，自2003年起，本評價的教育學得分含心理學類各本科專業的得分，北京師範大學因此連續兩年獲得教育學第一名。如果不包含心理學各專業的得分，則教育學第一名為華東師範大學。
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